質譜儀分析是一種先將物質離子化，按離子質荷比分離，然后測量各種離子譜峰值的強度，達到分析目的的分析方法。以檢測器檢測到的離子信號強度為縱坐標，離子質荷比為橫坐標的條形圖是我們常見的質譜圖。

質譜分析儀-質譜術語。

質量荷載比:離子質量(相對原子量單位計)與其帶電荷(以電子電量為單位計)之比，寫m/z。

峰值：質譜圖中的離子信號通常稱為離子峰值或簡稱峰值。

離子體豐度：檢測器檢測到的離子體信號強度。

基峰:在質譜圖中，強度在質荷比范圍內的離子峰稱為基峰。

總離子流圖:質量色譜圖；準分子離子；碎片離子；多電荷離子；同位素離子。

總離子流圖:在選定的質量范圍內，所有離子強度的總和對時間和掃描次數的圖，也稱為TIC圖

品質色譜圖：某一品質(或質荷比)的離子強度對時間的影響。

利用質量色譜圖確定特征離子，在復雜混合物分析和痕跡量分析時，是LC/MS測定的有用方法。樣品濃度低時，LC/MS的TIC往往看不到峰值。此時，根據得到的分子量信息，輸入M+1或M+23等數值，觀察提取離子的質量色譜圖，檢查直接取樣的信息是否反映在LC/MS上，確定LC條件是否合適，然后進行MRM等其他掃描方式的測定

準分子離子:指與分子關系簡單的離子，可以通過它確定分子量。液體中常見的準分子離子峰是[M+H]+或[M-H]。

在ESI中，經常產生質量大于分子量的離子，如M+1、M+23、M+39、M+18...稱準分子離子，即[M+H]+、[M+Na]+等。

碎片離子:準分子離子通過一級或多級分解產生的產物離子。

碎片峰的數量及其豐度與分子結構有關，數量多表示該分子容易斷裂，豐度高的碎片峰表示該離子穩定，分子容易斷裂產生該離子。

MW=165。

多電荷離子:指帶2個以上電荷的離子，常見于蛋白質或多肽等離子體。在有機質譜中，單電荷離子是絕大多數。只有那些不易破碎的基團或分子結構，如共軛體系結構，才會形成多電荷離子。它的存在表明樣品相對穩定。采用電噴離子技術，可以產生帶大量電荷的離子，然后通過計算機自動轉換成單質/比離子。

同位素離子：由重同位素組成的離子叫做同位素離子。

各種元素的同位素基本上根據其在自然界中的豐富比出現在質譜中，這對利用質譜來確定化合物和碎片的元素組成非常方便。